Начало: наставления и правила врачебные
История Сеченовского университета началась в 1758 году вместе с первыми лекциями доктора медицины и магистра философии Иоганна Христиана Керштенса, профессора медицинского факультета Императорского Московского университета. Прибыв в
Россию из немецкого Лейпцига, он читал студентам лекции по химии и физике, минералогии, фармакологии, «наставления и правила врачебные».
Занятия на медицинском факультете начались 13 (по старому стилю) августа 1758 года.
В 1764 году на факультете была открыта кафедра анатомии человека, сегодня она признана одной из лучших в мире. На кафедре ежегодно проходит международный конкурс анатомического рисунка Imago Anatomic Vesalius, открыт уникальный анатомический музей.
Устав университета 1804 года предусматривал наличие шести самостоятельных кафедр и трех институтов: клинического, повивального и хирургического. В 1828 году университет окончил Николай Пирогов – величайший хирург, анатом, педагог и общественный деятель, по отзывам современников – «первый хирург России», 
автор выдающегося труда, известного под названием «Ледяная анатомия».
Преемство мысли через века
7 февраля 1847 года доктор медицины, хирург, профессор университета Федор Иноземцев выполнил первую в истории России операцию с применением эфирного наркоза. В сентябре того же года Николай Пирогов впервые применил общий наркоз при оказании помощи раненым на поле боя на Кавказском театре военных действий. В дальнейшем Пирогов стал инициатором привлечения женщин к уходу за ранеными – так появились сестры милосердия. Классический труд Пирогова «Начала общей военно-полевой хирургии» (1865 год) станет настольной книгой российских хирургов.
«В жизни человечества существует преемство мысли, тянущееся через века». Он окончил университет в 1856 году. К 1860-м годам сформировалась физиологическая школа Сеченова. Результаты научных исследований опубликованы в его работе «Физиология нервной системы».
Иван Сеченов превратил физиологию в точную науку и клиническую дисциплину, его труды служат фундаментом новых научных исследований во многих отраслях медицины, физики, биологии и химии.
Осенью 1889 года Сеченов прочел в университете курс лекций, который стал основой обобщающего труда «Физиология нервных центров». В 1890-х годах учебная, научная и лечебная работа университета началась в зданиях университетских клиник на Девичьем поле (ныне Большая Пироговская улица).
Клиники Девичьего поля. Аллея жизни
Инициатором строительства Клинического городка выступил знаменитый хирург, заслуженный профессор, автор трудов по военно-полевой хирургии Николай Склифосовский. И вскоре благодаря его попечению здесь вырос большой клинический городок. Помимо денег, выделенных городом в строительство клиник были вложены средства частных благотворителей, а клинические корпуса спроектированы лучшими московскими зодчими.
По инициативе Склифосовского на народные средства установлен памятник Николаю 
Пирогову. Открытие памятника на Девичьем поле состоялось в августе 1897 года. В том же году, освящен храм Михаила Архангела при клиниках на Девичьем поле. Он построен в самом начале внутренней аллеи Клинического городка возле родильного дома, где младенцы появлялись на свет. Завершали аллею церковь св. Димитрия Прилуцкого, где отпевали умерших людей и анатомический корпус с моргом – от рождения к смерти – так появилось название Аллея жизни.
На XII Международном съезде врачей медицинский комплекс, названный Клиническим городком, получил высокую оценку зарубежных ученых-медиков, а известный немецкий врач и ученый Рудольф Вирхов призвал «учиться у русских» организации лечебного дела. 
В 1903 году на Девичьем поле состоялось открытие Ракового института для лечения страдающих опухолями, возглавил его заслуженный профессор, хирург Лев Левшин. Так родилась российская онкология. За выдающийся вклад в медицину на территории Клинического городка к 260-летию университета в октябре 2018 года будет установлен памятник Николаю Склифосовскому.
История университета – история страны
После революции 1917 года – крупнейшего политического события 20-го века, повлиявшего на дальнейший ход всемирной истории, университет стал центром развития профилактического направления в медицине, были созданы новые кафедры и новые клиники. В 1930 году проведена реорганизация подготовки врачебных кадров. Медицинский факультет выведен из состава МГУ и преобразован в самостоятельный вуз, который получил название «1-й Московский медицинский институт» (1-й ММИ).
В 1940 году за выдающиеся заслуги в области развития медицинской науки и подготовки высококвалифицированных медицинских кадров 1-й ММИ был награжден орденом Ленина и получил название «1-й Московский ордена Ленина медицинский институт» (1-й МОЛМИ). В июне 1941 года более половины сотрудников 1-го 
МОЛМИ по мобилизации были призваны в действующую армию. Одним из первых в Главное военно-медицинское управление пришел академик Николай Нилович Бурденко – директор факультетской хирургической клиники, ставший главным хирургом Красной Армии. На Аллее жизни установлен памятник Медикам-героям Великой Отечественной войны – сотрудникам и студентам Сеченовского университета.
Шли годы. В 1955 году 1-му МОЛМИ присвоено имя Ивана Михайловича Сеченова. 1990 год – 1-й МОЛМИ преобразован в Московскую медицинскую академию (ММА) имени И.М. Сеченова.
В 2010 году – ММА имени И.М. Сеченова присвоен статус университета с переименованием в Первый МГМУ имени И.М. Сеченова.
В 2014 году создан Попечительский совет вуза.
В 2015 году открыт филиал университета в городе Баку (Азербайджан), университет стал участником Проекта «5-100» и впервые вошел в мировые рейтинги вузов.
Сеченовский Университет: «Традиции. Знания. Развитие»
К 260-летнему юбилею вуз провел ребрендинг и обрел новый логотип, новое название – Сеченовский университет и девиз: «Традиции. Знания. Развитие». Следуя своему девизу, университет предоставляет полный цикл образовательных программ для наиболее талантливых студентов со всего мира, лидирует в создании и внедрении эффективных мультидисциплинарных моделей и методологий медицинского образования, готовит квалифицированные медицинские кадры для России, стран ближнего и дальнего зарубежья. Прав был Иван Сеченов: «В жизни человечества существует преемство мысли, тянущееся через века».
