Кафедра экологии человека и гигиены окружающей среды организована в 1996 г. на базе кафедр коммунальной гигиены (основана в 1932 году) и гигиены питания (основана в 1931 году). Заведующим кафедрой был избран профессор Королев Анатолий Александрович, который руководил кафедрой до 2005 года.

В 2002 году в связи с реорганизацией кафедры гигиены труда с курсом гигиены детей и подростков в состав кафедры экологии человека и гигиены окружающей среды были включены дисциплины гигиена труда (преподается с 1926 года) и гигиена детей и подростков (преподается с 1926 года).

C 2005 года и по настоящее время кафедрой экологии человека и гигиены окружающей среды руководит Онищенко Геннадий Григорьевич, академик РАН, доктор медицинских наук, профессор, Главный государственный санитарный врач Российской Федерации, Первый заместитель председателя комитета ГД по образованию и науке.