Институт клинической медицины им. Н.В. Склифосовского ведет активную научную работы по многим направлениям. В составе ИКМ работают 49 кафедр, на базе которых проводятся научно-клинические и теоретические исследования как по отдельным специальностям, так и совместные работы.