30 августа 1920 г. считается днем создания Института, основателем которого и первым его директором был выдающийся ученый профессор Е.И. Марциновский. С 1 сентября 2016 г. в Институте медицинской паразитологии, тропических и трансмиссивных заболеваний им. Е.И. Марциновского функционирует научно-исследовательский отдел, Клиническое отделение медицинской паразитологии и тропической медицины и Клинико-диагностическая лаборатория. На базе Института успешно работает кафедра тропической медицины и паразитарных болезней МПФ.
Институт занимается прикладными и фундаментальными исследованиями в области паразитарных, тропических и трансмиссивных заболеваний (диагностика, лечение, борьба и профилактика); определением молекулярно-генетического разнообразия видов и штаммов возбудителей болезней и переносчиков; доклиническими и клиническими изучениями противопаразитарных препаратов; экологии и биологии переносчиков; санитарной паразитологии.