Общее руководство за осуществлением научной деятельности молодыми учеными осуществляет проректор по научно-исследовательской работе.
Руководитель Общества молодых ученых назначается распоряжением Проректора по научно-исследовательской работе. Руководитель общества молодых ученых вправе назначать заместителя (нескольких заместителей). Назначение согласовывается с Проректором по научно-исследовательской работе.
ОМУ осуществляет свою работу на платформах (секциях). Каждая секция объединена на основе направления научной деятельности. К каждой секции прикреплено определенное количество кафедр Университета по направлению (профилю) научно-исследовательской работы. Работой секции руководит куратор и научный консультант.
Контроль за деятельностью Общества молодых ученых, его руководителей, соблюдением прав его участников также осуществляет Совет Общества молодых ученых, созданный на базе Общества молодых ученых. В Совет включают представителей всех входящих в состав ОМУ групп сотрудников/обучающихся. Из состава Совета ОМУ путем голосования избирается Председатель Совета ОМУ.
Проректор по научно-исследовательской работе - Бутнару Денис Викторович