При открытии Московского университета в 1755 году к числу предметов, изучаемых на факультете, была добавлена «химия с применением химии аптекарской». Половина других предметов университетского курса определилось на много лет вперед – химия была отдана на службу медицине». Студентов обучали «физической особливо, химии аптекарской и приложениям химии к медицине».
На медицинском факультете предусматривалась должность доктора и профессора химии. Устанавливалось, что профессором химии должен быть доктор медицины, т.к. это было во всех университетах Европы в то время.
Первым профессором химии в Московском университете (1758-1770 гг.) был доктор медицины и магистр философии И.Х. Карстенс. При И.Х. Карстенсе в университете была устроена первая химическая лаборатория (1760 г). В период с 1770 по 1804 год кафедрой химии и практической медициной заведовали П.П. Вениаминов (1770-1775), С.Г. Зебелин (1775-1802) и С.Г. Политковский (1802-1804).
В начале XIX века кафедра химии была передана в административное подчинение факультета физических и математических наук.
В 1804 г. кафедру возглавил доктор медицины Фердинанд-Фридрих Рейсс, который не ограничивал свою деятельность учебными и административными обязанностями, уделяя большое внимание систематической научно-исследовательской работе.
Ф.Ф. Рейсс известен открытием в 1808 г. явления электрофореза. Ему принадлежит оригинальная по тому времени мысль получения искусственных минеральных вод.
Несомненной заслугой Ф.Ф. Рейсс является постройка химической лаборатории после пожара Москвы в 1812г. Постройка лаборатории была закончена в 1823 г.
Будучи членом и, с 1822 года, председателем физико-медицинского общества Рейсс поместил в его «Актах» («Commentationes») целый ряд статей и исследований; из них наиболее крупные: в I томе:«Описание химических действий гальванического электричества», «Theoremata de miasmatum contagiosorum origine, natura, proprietatibus et agendi modo»; во II томе: «Опыты, относящиеся к фармации», «Наблюдения над различными лекарствами», «Физико-химические опыты над животным магнетизмом», «О водогонной силе гальванического электричества, открытой Рейссом и об участии её в различных явлениях природы», «Анатомо-физиологическое исследование сил, движущих кровь, которыми доказывается, что главная из них есть водогонная сила электричества», «О действии различных средств, особенно растения Scutellaria laterifolia против водобоязни». В издаваемых тем же обществом «Bulletin de la Société Physico-Médical» (1830) были помещены следующие статьи Рейсса: «Замечания относительно того, что врачам следовало бы к своим метеорологическим наблюдениям присоединять и геологические», «Наблюдения над средством Cadet de Vaux против ломоты и ревматизма», «Замечания об изумительном действии сернокислой меди в крупе» и «Замечания о болезни: asthma acutum periodicum Millari». Отдельно были изданы: «Nouvelle analyse du principe febrifuge du quinquina» (M., 1810; перепечатано в «Записках Физико-Медицинского Общества» во II томе), «Наставление как употреблять средство, предохраняющее от моровой язвы и других заразительных болезней» (1807; «De incendiis spontaneis eorumque legibus et causis oratio» (1808), «De stadiorum Academicorum rectius instituendorum, prosperius celebrandorum et felicius absolvendorum ratione» (1809), «Memoria coronationis et sacrae unctionis Imperatoris ac domini nostri Nicolai primi» (1827) и «Об употреблении хлора для предохранения от холеры» (1830).
В последующие годы кафедрой заведовал Р.Г. Гейман (1832-1854), назначенный 17 сентября 1832 года преподавателем химии в Московском университете на место профессора Рейсса; 28 марта 1833 года утверждён ординарным профессором при университете, а 18 июля того же года — и при академии. Добился в 1834 году постройки, по разработанному им плану, нового здания химической лаборатории Московского университета, считавшейся в то время одной из лучших в Европе.
Ввёл в научный оборот термин «техническая химия» и в период 1836—1854 годов читал составленный им публичный курс московским фабрикантам.
В 1841 году, путешествуя по Германии, Франции, Швейцарии, Тиролю, Бельгии и Англии, осматривал различные учебные заведения, особенно химические лаборатории, заводы и фабрики, знакомился с различными фабричными производствами. Вернувшись в Россию, осматривал фабрики и заводы в России — Шуи и Иваново-Вознесенска, Санкт-Петербурга. Результатом стал обзор русских химических заводов с различными предложениями относительно возможного их улучшения.
В 1842 году был награждён орденом Св. Станислава 2-й степени; 13 июня 1849 года — орденом Св. Анны 2-й степени. В 1852 году назначен членом московского отделения Мануфактурного совета, утверждён членом комитета по устройству Московской мануфактурной выставки 1853 года.
Состоял действительным членом Московского общества сельского хозяйства (с 1826), членом геологического общества во Франции (с 1841) и членом германского медицинского общества в Берлине (с 1844). Был инициатором разработки месторождений торфа под Москвой.
С 1854 года — действительный статский советник и Заслуженный профессор Московского университета.
Следующим заведующим стал Н.Э. Лясковский (1854-1871). В 1843 году Н.Э. Лясковский принял предложение занять в Московском университете кафедру ветеринарии и был отправлен за границу для изучения «скотоврачебной науки». При этом, в феврале 1844 года, он получил через попечителя Московского учебного округа графа Строганова разрешение заниматься и любимыми науками — фармацией и химией, сначала в Берлине у Генриха Розе и Мичерлиха, а потом в Гиссене под руководством Либиха и в Париже у Дюма и Араго. В Гиссене он впервые представил формулу маргарина, и Либих предлагал ему остаться работать в Германии.
В 1846 году, по возвращении в Россию, он был определен на должность «учёного аптекаря» при Московском университете, где читал курс фармакогнозии и фармации, а с начала 1847 года стал читать публичный курс органической химии. В том же году он сделался действительным членом Московского Общества испытателей природы, а в следующем году членом Медицинской конторы по фармацевтической части в качестве визитатора аптек.
В 1849 году Лясковский защитил диссертацию на латинском языке «De cholere epidemici nonnullis causis atmosphericis» («О некоторых атмосферных причинах холерной эпидемии») и получил степень доктора медицины. В 1850 году он был избран в действительные члены Московского физико-медицинского общества, а в 1852 году в действительные члены Московского Общества сельского хозяйства. Несмотря на всё это, он оставался в должности учёного аптекаря с ничтожным жалованьем. Наконец, с отставкой профессора Геймана в 1854 году, после многих хлопот, он был утверждён, сначала исправляющим должность адъюнкта, а затем, в 1858 году, — экстраординарным профессором химии и занял кафедру чистой химии до конца своей жизни. В 1859 году он был назначен ординарным профессором химии в Московский университет.
По воспоминаниям одного из его учеников, профессор Н. Э. Лясковский «никогда не упускал случая теоретические воззрения на один и тот же вопрос сопоставлять в их исторической последовательности с указанием влияния того или другого воззрения на ход и развитие современной ему науки».
В 1873 году Московский университет впервые пригласил на должность заведующего кафедрой профессионального химика профессора В.В. Марковникова.
В 1864 году В.В. Марковников защитил магистерскую диссертацию «Об изомерии органических соединений». Её тема была связана с проблемой существования изомерии среди жирных (насыщенных) кислот; Марковников доказал, что такая изомерия существует. После защиты, в 1865 году он был на два года отправлен за границу: работал в Берлине, Мюнхене и Лейпциге, — в лабораториях А. Байера, Э. Эрленмейера и А. В. Г. Кольбе.
В феврале 1867 году он был избран в число приват-доцентов по кафедре химии и, после возвращения в Россию, в сентябре того же года начал преподавательскую деятельность. Весной 1869 года он защитил докторскую диссертацию по теме «Материалы по вопросу о взаимном влиянии атомов в химических соединениях» и стал экстраординарным профессором кафедры химии; с 1870 года — ординарный профессор Казанского университета.
В 1871 году оставил университет вместе с группой учёных в знак протеста против увольнения профессора П. Ф. Лесгафта и был избран ординарным профессором Новороссийского университета в Одессе, где успел прочитать только один курс органической химии. В 1872 году он был избран профессором Московского университета и переехав в Москву, возглавил химическую лабораторию университета; в следующем году был утверждён в должности ординарного профессора.
В 1875 году В.В.Морковников организовал кафедру органической химии.
В 1877 году был командирован в действующую армию и непосредственно руководил дезинфекционными работами в госпиталях. В 1880-х годах исследовал соляные озёра в Астраханской губернии и на Кавказе, минеральные воды Нарзана. С 1880 года исследовал состав нефти.
В 1892 году ему было присвоено звание заслуженного профессора Московского университета. Почётный член Московского университета (1901). Почётный член ОЛЕАЭ (1887). Несмотря на достижение 25-летней выслуги лет, его оставили на службе ещё на пять лет. В 1893 году он передал заведование лабораторией профессору Н. Д. Зелинскому, но продолжал читать лекции на физико-математическом факультете Московского университета.
В 1901 году по инициативе В. В. Марковникова был издан «Ломоносовский сборник», посвящённый истории химии в России.
В последующие годы кафедрой химии заведовали знаменитые профессоры:
А.П. Сабонеев (1877-1901), научные исследования которого, охватывают несколько областей химии. С 1870 года он исследовал производные, главным образов галоидные, ацетилена. Впервые получил и описал (1873) трибромэтилен и дийодэтилен. Детально изучил (1873) действие брома на ацетилен, азотистые производные ацетилена, действие цинковой пыли на галогенпроизводные алканов. Разработал (1881) метод получения дибромацетилена и смешанных галогенпроизводных ацетилена. Одним из первых исследовал изомерию производных гидразина, гидроксиламина и подобных неорганических соединений. Первым применил (1889—1893) и в дальнейшем широко использовал криоскопический метод определения молекулярных масс соединений в коллоидных растворах, в частности кремниевой кислоты и соединений белковой природы (альбумина, альбумозы, пептона и др.). Открыл (1889) реакцию димеризации ацетилена в присутствии брома с образованием гексабромциклобутана, являющуюся одним из наиболее важных способов синтеза малых циклов.
И.А. Каблуков (1901-1912) и (1917-1923), который не только занимался теоретическими исследованиями, но и изучал природные богатства России (позднее — СССР). Участвовал в организации российского производства минеральных удобрений. В 1905 году он был назначен представителем Главного управления землеустройства и земледелия в Междуведомственную комиссию по вопросу получения окислов азота при Главном артиллерийском управлении. В 1908 году он вошёл в состав комиссии МСХИ по исследованию фосфоритов в России, чья работа положила начало производству удобрений из российского сырья. В 1909 году по предложению Департамента земледелия в МСХИ была создана комиссия по добыванию азотных туков из воздуха, получению известковой селитры и цианистого кальция. В состав комиссии вошли И. А. Каблуков, Н. Я. Демьянов и Д. Н. Прянишников. Через два года, в 1911 году, И. А. Каблуков стал председателем комиссии по вопросу о добывании окислов азота из воздуха. В 1911 году И. А. Каблуков и его отец А. С. Каблуков посетили соляные промыслы Крыма и исследовали собранные ими образцы рапы соляных озёр Крыма на предмет получения калийных солей и брома из маточных растворов, остающихся после извлечения поваренной соли. Опубликовал результаты исследования в виде монографии, которая позволила организовать в Крыму бромный завод и получать калийные соли из морской воды.
И.С. Плотников (1912-1917) им была основана фотохимическая лаборатория Московского университета (первоначально состоявшую из 2-х отделений: оптического и фотохимического; позднее создано фотоэлектрическое; оборудовал лабораторию на уровне мировых стандартов: большую часть приборов пожертвовал сам Плотников. В 1914 году возглавил объединённую лабораторию неорганической, физической химии и фотохимии.
Большое внимание уделял технике фотохимического эксперимента, конструировал новые приборы, обучал этому своих учеников. В стенах фотохимической лаборатории Московского университета создал новые модификации светового термостата, светофильтры для УФ-области, триболюминескоп и др. В зарубежный период своей деятельности также создал несколько аппаратов для фотохимических и термоэлектрических измерений (термофотометр, фотохимический аппарат с «вращательной» экспозицией и др.), а также специальное оборудование для применения в медицине и биологии. Фотохимические аппараты Плотникова выставлены в немецком музее истории науки, как важнейшие изобретения техники фотохимического эксперимента в XX веке.
Кафедру органической химии, основанную в 1922 г., возглавил профессор Александр Васильевич Степанов - специалист в области судебной химии, автор первого учебника по органической химии, профилированного для студентов медицинского профиля. Со дня основания кафедры в центре ее деятельности всегда были научные исследования в соприкасающихся с медициной областях.
В 1923 г. на медицинском факультете была учреждена новая кафедра неорганической, аналитической, физической и коллоидной химии.
Ее возглавил профессор Ярослав Степанович Пржеборовский (1923-1930), в последствие - первый заведующий кафедрой 1 -го Московского медицинского института (1930-1960 ГГ.).
Профессором Я.С Пржеборовским был введен для студентов медицинского факультета был впервые организован курс физической и коллоидной химии, пересмотрены учебные планы и программы, организована лаборатория для проведения практических занятий, был создан новый курс лекций, сопровождающийся интересно подобранными экспериментами.
Значительный период развития кафедры органической химии (1943-79 гг.) связан с именем профессора, доктора биологических наук Бориса Николаевича Степаненко – крупного ученого в области химии и биохимии углеводов, автора открытия нового полисахарида, лауреата премии имени А.Н. Баха. Б.Н. Степаненко всемерно стремился содействовать прогрессу в области химии и биохимии углеводов и утверждал значимость исследований в области химии углеводов для теоретической и клинической медицины.
Большой научный интерес имеют работы Б.Н. Степаненко и его учеников по изучению гликозилирования лекарственных веществ с гидрокси- и аминогруппами: был синтезирован ряд новых гликозидов, изучена кинетика их гидролиза, установлены закономерности, характеризующие влияние строения агликона и углеводного компонента на устойчивость гликозидных связей. Осуществлен синтез ряда новых арил N-гликозидов, постулирован механизм их гидролиза; показана возможность разделения аномерных гликозиламинов с помощью газожидкостной хроматографии; предложен новый способ определения конфигурации аномерного центра N-гликозидов методом гамма-резонансной спектроскопии, получены новые биологически активные соединения (21 авторское свидетельство). Выявлено, что синтезированные фруктозаминокислоты и фруктозопептиды оказывают специфическое действие на ряд микроорганизмов и на родоначальные кроветворные клетки костного мозга.
Широкие исследования были проведены в области нуклеозидов: синтезированы аналоги природных пиримидиновых нуклеозидов, обладающие противовирусной активностью. В 1974-79 гг. были выполнены исследования по синтезу кремнийсодержащих производных углеводов, обладающих противогипоксическим действием.
Результаты работы сотрудников кафедры и лаборатории углеводов Института биохимии им. А.Н. Баха представлены в 20 кандидатских и одной докторской диссертациях, а также обобщены в монографиях «Углеводы. Успехи в изучении строения и метаболизма» (1968), «Химия и биохимия углеводов (моносахариды, полисахариды)» (1977-78). Научные результаты докладывались на международных конгрессах по биохимии и химии природных соединений в США, Японии, Англии, Бельгии, Швеции, Венгрии.
В 1960 г. на базе кафедры неорганической, аналитической, физической и коллоидной химии образовались две самостоятельные кафедры: кафедра физической и коллоидной химии и кафедра неорганической химии. Кафедру физической и коллоидной химии, на которой занимались студенты лечебного, санитарно-гигиенического и фармацевтического факультетов 1 ММИ возглавил ученик Я.С. Пржеборовского, доцент, кандидат химических наук, Василий Порфирьевич Мишин, который заведовал кафедрой до 1982 года.
В.П.Мишин в 1937 г в МГУ защитил диссертацию на соискание ученой степени кандидата химических наук, в 1939 утвержден ВАК СССР в ученом звании доцента. 7 июля 1941 г. он ушел добровольцем в составе Фрунзеновской дивизии народного ополчения, а 16 октября 1941 г при выходе из Вяземского окружения раненым и контуженным попал в плен, из которого был освобожден 16 апреля 1945 г. 26 ноября 1945 г. он приступил к работе в должности доцента кафедры физической и коллоидной химии I ММИ им. Сеченова.
В.П.Мишин сформулировал новое понятие о конденсационной устойчивости дисперсных систем в 1968 г. в соавторстве с В.А. Попковым. Работы, выполненные сами В.П.Мишиным и его учениками привели к формированию научной школы основы термических методов исследования биологически-активных веществ и лекарственных соединений.
Он был талантливым лектором и методистом, принимал активное участие в координации методической работы химических кафедр медицинских вузов, являясь председателем центральной проблемной учебно-методической комиссии по химическим дисциплинам ГУУЗа МЗ СССР, а также членом центральной методической комиссии по химии МВССО СССР. Длительное время работал ученым секретарём редакционного отдела по химии и биохимии в большой и малой медицинской энциклопедиях СССР. С сентября 1958 по февраль 1973 являлся ученым секретарем ред.отдела «Биохимия БМ СССР», а с февраля 1973 являлся заместителем главного редактора ред.отдела «Биохимия». Участвовал в работе по аттестации медицинских и фармацевтических институтов страны.
Автор более 100 научных статей, учебников и учебно-методических пособий. Он обладал широчайшим кругозором, владел английским, немецким и французским языками. Им опубликовано свыше 100 научно-популярных работ.
В.П.Мишин награжден Почетной грамотой Верховного Совета РСПСР за «…успехи в развитии медицинской науки и подготовки медицинских кадров…», награжден Орденом «Знак почета» (10.12.1961), медалью «За Победу над Германией в Великой отечественной войне 1941-45 гг.», медалью «50 лет вооруженных сил СССР» (5 мая 1969 г.), медалью «За доблестный труд». В ознаменование 100-летия со дня рождения В.И. Ленина» 1.04.1970 г., медалью «В память 800-летия Москвы» 7.11.1948 и памятным значком «Отличник здравоохранения» 28.04.1955
В 1982 г. в связи с изменением учебного плана кафедра физической и коллоидной химии была переименована в кафедру общей химии.
С 1982 г., после ухода В.П.Мишина на пенсию до 2018 года, кафедру общей химии возглавил его ученик - профессор, доктор фармацевтических наук - Владимир Андреевич Попков, который уделял большое внимание совершенствованию педагогического процесса преподавания химии студентам медикам. В 2002 году защитил диссертацию на соискание ученой степени доктор педагогических наук. Он продолжал работу по координации методической работы химических кафедр медицинских вузов, являясь председателем центральной проблемной учебно-методической комиссии по химическим дисциплинам ГУУЗа МЗ СССР, а также членом центральной методической комиссии по химии МВССО СССР. 17.03.1993 В. А. Попков избран член-корреспондентом РАО, а 14.04.1999 - действительным членом РАО. Под руководством В.А. Попкова защищено 10 докторских и более 25 кандидатских диссертаций. Автор более 300 научных статей, учебников и учебно-методических пособий по химии и педагогике.
Награждён медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» (II ст. – 1998), Лауреат премии Президента РФ в области образования (1998), Заслуженный деятель науки РФ (1996), Почётный работник высшего профессионального образования РФ (2003), Награждён медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» (I ст. – 2018), медаль К.Д. Ушинского (2000), золотая медаль РАО «За достижения в науке», медаль Преподобного Сергия Радонежского (2001), памятная медаль 1020-летия Крещения Руси (2008), Орден Святитель Макария Митрополита Московского (2010) «За вклад в развитие духовного просвещения» и др.
В 1982 г. в связи с изменением учебного плана кафедра физической и коллоидной химии была переименована в кафедру общей химии.
Примерно в этот период в 1979-2007 гг. кафедру биоорганической химии возглавляла Заслуженный деятель науки РФ, профессор, доктор химических наук Нонна Арсеньевна Тюкавкина. Н.А. Тюкавкина крупный специалист в области химии природных соединений, Член Международной Ассоциации ученых «Группа полифенолов»; член редакций ряда научных журналов. Под руководством профессора Н.А. Тюкавкиной в тесном взаимодействии с другими научными учреждениями создан новый отечественный препарат «Диквертин» антиоксидантного и капилляропротекторного действия. Актуальность и важность ведущихся исследований отражены в Актовой речи Н.А. Тюкавкиной на Ученом Совете академии «Биофлавоноиды: химия, пища, лекарства, здоровье» (2002 г.). Н.А. Тюкавкина большое внимание уделяла совершенствованию и профилизации фундаментального химического образования в медицинских и фармацевтических учебных заведениях. Она является соавтором и редактором учебных программ и основных видов учебной литературы для студентов медицинских и фармацевтических вузов, в частности, учебников «Биоорганическая химия», «Органическая химия» (для фармацевтических и медицинских училищ), «Органическая химия. Основной курс», книга 1 и Органическая химия. книга 2», практикумов «Руководство к лабораторным занятиям по биоорганической химии», «Руководство к лабораторным занятиям по органической химии», многократно переиздававшихся и пользующихся большим успехом у студентов.
С 2008 г по по 2018 г. кафедрой органической химии руководил Заслуженный работник высшей школы РФ, профессор, доктор фармацевтических наук Белобородов Владимир Леонидович. На кафедре развивается направление по исследованию фармакокинетики и метаболизма кардиологических средств и ряда фитохимических лекарственных препаратов, стандартизации лекарственных средств синтетической и растительной природы, а также стоматологических материалов с средств гигиены. Это научное направление лежит в пограничной области между химией, медициной и фармацией. С использованием современной аппаратуры, разработаны аналитические методики для определения лекарственных средств и их метаболитов в биологических жидкостях, компонентного состава растительных экстрактов и фитохимических препаратов и чистоты стандартных образцов.
В 2018 году кафедры общей химии и органической химии были объединены в кафедру химии. Объединенную кафедру химии возглавила доктор фармацевтических наук, профессор, Заслуженный работник здравоохранения РФ – Нестерова Ольга Владимировна, автор 18 патентов РФ, более 100 научных трудов, учебников и учебных пособий по химии и стоматологическому материаловедению.
На кафедре воспитана школа учеников, занимающихся вопросами фармации и медицины с позиций молекулярного подхода, подготовлено около 50 кандидатов и 15 докторов наук. Оригинальность и новизна проводимых исследований подтверждена 35 патентами РФ.
Огромную работу коллектив кафедры проводит в сотрудничестве с деканатом довузовского образования. Читаются лекции и проводятся показательные лабораторно-практические занятия с учителями-химиками школ г.Москвы, сотрудничающих с Сеченовским Университетом. Преподаватели кафедры ведут занятия по химии в РЦ Московский Сеченовский Предуниверсарий. Авторским коллективом кафедры разрабатываются задания Всероссийской Сеченовской Олимпиады по химии, а также критерии оценки проектно-исследовательских работ, представленных на ежегодных конференциях «Старт в медицину» и других конференциях, проводимых Сеченовским Университетом и Правительством г. Москвы.