Год публикации:
Все года
2018
2019
2020
| Название |
Дата публикации |
Коллектив авторов |
Журнал |
DOI |
Индекс цитирования |
Ссылка на источник |
|
Evaluation of the population heterogeneity of TBEV laboratory variants using high-throughput sequencing
|
01.02.2018 |
Litov A.
Deviatkin A.
Goptar I.
Dedkov V.
Gmyl A.
Markelov M.
Shipulin G.
Karganova G.
|
Journal of General Virology |
|
1 |
Ссылка
© 2018 The Authors. We studied minor variants within two tick-borne encephalitis virus (TBEV) populations with a common ancestor: the mouse brain-adapted variant EK-328c and the tick-adapted variant M. High-throughput sequencing with custom amplicons from RTPCR viral RNA was performed on Illumina MiSeq 2*250 paired-end v2 chemistry. Using the LowFreq program (default settings) and Sanger-sequenced consensus as a reference, variants with an abundance of 1% and above within the studied populations were identified. Using the obtained data in the context of our previous studies, we concluded that TBEV variants, which are different from the major population phenotype and can become a major part of the viral population under favourable environmental conditions, can exist at abundances of less than 1% in the long-term. The comparison of our data with the literature allowed us to conclude that the laboratory variant EK-328c and variant M have similar SNV counts to TBEV variants from natural populations and some fast-evolving RNA viruses.
Читать
тезис
|
|
Evaluation of the population heterogeneity of TBEV laboratory variants using high-throughput sequencing
|
|
Гмыль Анатолий Петрович
Девяткин Андрей Андреевич
Карганова Галина Григорьевна
|
Journal of General Virology |
|
|
Мы изучили незначительные варианты в двух популяциях вируса клещевого энцефалита (TBEV) с общим предком: адаптированный к мозгу вариант EK-328c и адаптированный к клещу вариант M. Высокопроизводительное секвенирование с помощью пользовательских ампликонов из вирусной РНК ОТ-ПЦР был выполнен на химии Illumina MiSeq 2 * 250 парный конец v2. Используя программу LowFreq (настройки по умолчанию) и последовательный консенсус Сангера в качестве эталона, были идентифицированы варианты с изобилием 1% и выше в исследуемых популяциях. Используя полученные данные в контексте наших предыдущих исследований, мы пришли к выводу, что варианты TBEV, которые отличаются от основного популяционного фенотипа и могут стать основной частью вирусной популяции при благоприятных условиях окружающей среды, могут существовать в количестве менее 1% в долгосрочной перспективе.
Читать
тезис
Публикация |
|
Evaluation of the population heterogeneity of TBEV laboratory variants using high-throughput sequencing
|
|
Гмыль Анатолий Петрович (доцент)
Девяткин Андрей Андреевич (старший научный сотрудник, лаборатория молекулярной биохимии)
Карганова Галина Григорьевна (Профессор)
|
Journal of General Virology |
|
|
Мы изучили незначительные варианты в двух популяциях вируса клещевого энцефалита (TBEV) с общим предком: адаптированный к мозгу вариант EK-328c и адаптированный к клещу вариант M. Высокопроизводительное секвенирование с помощью пользовательских ампликонов из вирусной РНК ОТ-ПЦР был выполнен на химии Illumina MiSeq 2 * 250 парный конец v2. Используя программу LowFreq (настройки по умолчанию) и последовательный консенсус Сангера в качестве эталона, были идентифицированы варианты с изобилием 1% и выше в исследуемых популяциях. Используя полученные данные в контексте наших предыдущих исследований, мы пришли к выводу, что варианты TBEV, которые отличаются от основного популяционного фенотипа и могут стать основной частью вирусной популяции при благоприятных условиях окружающей среды, могут существовать в количестве менее 1% в долгосрочной перспективе.
Читать
тезис
Публикация |
